สาเหตุของการเกิดตะไคร่น้ำหลากหลายสายพันธุ์นั้นมีมากมายหลายสาเหตุ เป็นสิ่งที่เกิดขึ้นโดยที่เราไม่ สามารถรับรู้ได้ด้วยประสาทสัมผัสทั้งหลายของเรา เช่น การเปลี่ยนแปลงไปของสัดส่วนของสารอาหารใน ตู้หรือแม้กระทั่งการค่อยๆ ลดลงของความเข้มข้นของแสงเมื่อเวลาผ่านไป ดังนั้นจะขอกล่าวถึงสาเหตุเพียง ส่วนหนึ่งที่ได้รับจากคลังข้อมูลต่างๆ สาเหตุต่างๆ ที่นำไปสู่การเกิดตะไคร่น้ำก็คือ
1. ตู้ที่เพิ่งจัดเสร็จและขาดประสบการณ์ในการควบคุมปัจจัยต่างๆ คุณภาพและการดูแลน้ำช่วงที่ระบบแบคทีเรียยังไม่แข็งแรงและอีกมายมายสารพัด ปัญหานี้ถือเป็นประตูด่านแรกของการเลี้ยงพรรณไม้น้ำและผู้เลี้ยงปลาหลายๆราย พอเจอตะไคร่รุมเร้ามากๆเข้าก็ถอดใจ ลองใช้ช่วงเวลาที่บังเอิญเกิดตะใคร่นั้น เฝ้าสังเกตการ เปลี่ยนแปลงก็จะได้ความรู้ความเข้าใจมากทีเดียว เรียกว่าผิดเป็นครูไงคะ
2. ความเข้มของแสงและพันธุ์ไม้ที่นำมาเลี้ยง
3. การให้สารอาหารมากหรือน้อยเกินไป แร่ธาตุบางตัวถ้าให้มากเกินไป มีผลเร่งการเจริญเติบโตของตะไคร่ เช่น ธาตุเหล็ก
4. การให้อาหารปลาที่มากเกินไป อาจกล่าวได้ว่าปริมาณปลาที่เลี้ยงไว้ในตู้ ต้นไม้สัมพันธ์โดยตรงกับความสมบูรณ์ของต้นไม้ การได้มาซึ่งไนโตรเจนและฟอสฟอรัส ในตู้พรรณไม้น้ำจึงได้จากอาหารปลาเป็นหลัก ดังนั้นนอกจากปริมาณของอาหารปลาที่ให้แล้ว ชนิดหรือยี่ห้อของอาหารปลา ก็เป็นสิ่งที่ควรต้องพิจารณา ในการเลือกซื้อให้เหมาะกับตู้ของเราเช่นกัน
5. การขาดการดูแลเปลี่ยนถ่ายน้ำ เมื่อใดก็ตามที่ตู้ขาดการดูแลเปลี่ยนถ่ายน้ำเกิน 2 สัปดาห์ขึ้นไป
ปัญหาเรื่องตะไคร่น้ำจะเริ่มเห็นชัดขึ้นมากเรื่อยๆ ทั้งนี้เพราะเวลาผ่านไปมากขึ้น ในขณะที่สารบางตัวยังเหลือใช้อยู่ ดังนั้น สัดส่วนของสารอาหารก็จะผิดเพี้ยนไป การเปลี่ยนถ่ายน้ำจึงเสมือนการบาลานซ์สัดส่วนของสาร อาหารต่างๆใหม่
6. ขาดตัวควบคุมปริมาณตะไคร่ที่เหมาะสม ตัวควบคุมตะไคร่ที่ได้รับการยอมรับ ในแวดวงผู้เลี้ยงไม้น้ำ ได้แก่ กุ้งยามาโตะ, กุ้งเชอรี่, ปลาเล็บมือนาง, ปลาซัคเกอร์แคระ (Octosyncus) สิ่งมีชีวิตเหล่านี้จำเป็นต้องมีใน ตู้ไม้น้ำเพื่อเป็นตัวควบคุมไม่ให้การเกิดแพร่กระจายของตะไค่ร่ขึ้นได้ง่าย
7. ระบบแบคทีเรียสูญเสีย หรือเสียหายไปเป็นจำนวนมากในช่วงการล้างตู้ โดยเฉพาะถ้าเราใช้น้ำประปาล้างตู้ ก็เท่ากับว่าเราเซ็ดตู้ใหม่ เริ่มใหม่ ซึ่งเสี่ยงกับการเกิดตะไคร่อีกเช่นเคย
8. ปลาที่ตายและไม่ได้เก็บออก โดยเฉพาะเมื่อปลาที่ตายนั้นมีขนาดใหญ่ ควรรีบเก็บออก
